Laut Satzung vom 13.10.2011 besteht die Stiftung aus den Organen des Stiftungsvorstandes und dem Stiftungsrat, als kontrollierendes Organ. Der Stiftungsvorstand besteht aus zwei hauptamtlichen Vorständen - dem Vorsitzenden und dem stellvertretenden Vorsitzenden - die vom Stiftungsrat gewählt werden. Der Stiftungsvorstand ist Verwalter der Stiftung entsprechend can. 1279 § 1 CIC. Dem Stiftungsvorstand obliegt die Verwaltung der Stiftung, insbesondere die Vermögensverwaltung. Der Stiftungsvorstand führt die Geschäfte der Stiftung im Rahmen der Gesetze, der Satzung, seiner Dienstverträge, der vom Stiftungsrat für den Stiftungsvorstand erlassenen Geschäftsordnung und der Beschlüsse des Stiftungsrates. Der Stiftungsrat berät und überwacht den Stiftungsvorstand. Als kirchliche Stiftung des bürgerlichen Rechts unterliegt die Stiftung St. Elisabeth Hechingen der Rechtsaufsicht des erzbischöflichen Ordinariats in Freiburg.

Der Stiftungsvorstand

Vorsitzender: Herr Axel Beiter 
Stellv. Vorsitzender: Herr Wolfgang Koch

Der Stiftungsrat

Vorsitzender: Herr Konrad Wiget
Stellv. Vorsitzender: Herr Jürgen Staib

Herr Pfarrer Thomas Fürst
Herr Dr. Bernd Stekeler
Herr Hans-Joachim Häring

Beratendes Mitglied:
Herr Klaus Conzelmann (Finanzausschuss)